U skladu sa članom 139(4) Uredbe o sprovođenju IPA-e, Operativne strukture osnivaju Zajedničk tehnički sekretarijat (Joint Technical Secretariat – JTS) za pružanje podrške Operativnim strukturama i Zajedničkom nadzornom odboru prilikog obavljanja dužnosti iz njihove nadležnosti. Zajednički tehnički sekretarijat može imati prateća tela u svakoj zemlji obuhvaćenoj programom. U okviru Programa prekogranične saradnje za Srbiju – Bosnu i Hercegovinu, Zajednički tehnički sekretarijat biće uspostavljen zajedničkim sporazumom između dvije Operativne strukture. Detalji će se utvrditi u pomenutom sporazumu.
Zajednički tehnički sekretarijat (JTS) snosi odgovornost za svakodnevnu realizaciju programa.
Zajedničkim tehničkim sekretarijatom zajednički upravljaju obe Operativne strukture.

Organizacija i kadrovsko popunjavanje Zajedničkog tehničkog sekretarijata
Sjedište Zajedničkog tehničkog sekretarijata nalazi se u Užicu, Republika Srbija.
Prateće tijelo u Bosni i Hercegovini biće smješteno u Tuzli.
Zajedničkim tehničkim sekretarijatom upravlja šef Sekretarijata. JTS će zapošljavati međunarodno osoblje, uključujući državljane BiH i Srbije. Osoblje JTS-a imenuju operativne strukture. Broj i kvalifikacije osoblja biće usklađeni sa dole definisanim zadacima. Osoblje JTS-a pokrivaće potrebe na svim relevantnim jezicima – srpskom i službenim jezicima BiH, te engleskom.
Rad JTS-a i njegovog pratećeg tijela, uključujući troškove osoblja (sa izuzetkom plata državnih službenika), finansiraće se iz sredstava Prioriteta Tehničke pomoći. Detaljna pravila rada JTS-a biće utvrđena bilateralnim sporazumom između Operativnih struktura.
Sprovođenje aktivnosti će se vršiti prema planu rada koji jednom godišnje usvaja Zajednički nadzorni odbor.

Zadaci JTS-a
Zajednički tehnički sekretarijat snosi odgovornost za svakodnevnu implementaciju Programa u skladu sa odredbama sporazuma o realizaciji zaključenog između operativnih struktura Srbije i BiH i u skladu sa odredbama nacionalnog zakonodavstva i zakonodavstva EU.
JTS pruža podršku Zajedničkom nadzornom odboru i Operativnim strukturama u izvršenju njihovih dužnosti, a, između ostalog, posebno je odgovoran za obavljanje slijedećih zadataka:

• davanje imputa za izradu godišnjih i finalnog izveštaja o Programu prekogranične

saradnje;

• organizovanje sastanaka Zajedničkog nadzornog odbora i Zajedničkog upravnog odbora, ukljujučujući izradu nacrta zapisnika i njegovu dostavu;
• u saradnji sa Operativnim strukturama, planiranje i sprovođenje informativnih

kampanja i ostalih aktivnosti usmerenih na upoznavanje javnosti sa Programom;

• primanje i evidencija prijava za projekte i organizovanje rada Zajedničkog upravnog odbora, uključujući sačinjavanje izveštaja o administrativnoj usklađenosti i ispunjavanju uslova;
• priprema, uz usmjeravanje i podršku ugovornih tijela i Operativnih struktura,

standardizovanih obrazaca za podnošenje prijava za projekte, tabela za ocjenjivanje, smjernica za podnosioce prijedloga projekata, izvještaja o realizaciji i praćenju projekata, te dodjeli bespovratnih sredstava (uključujući finansijske izvještaje), po mogućnosti u što većoj mjeri zasnovanih na obrascima i modelima uvrštenim u PRAG-u (practical guide);

• organizovanje programa za info-dane i radionice za potencijalne podnosioce prijava,

uz vođenje računa da se osigura dobra pokrivenost kvalifikovanog područja;

•  
  • pružanje podrške potencijalnim podnosiocima prijave pri pronalaženju partnera i pri izradi projekta;
  • ohrabrivanje podnošenja prijava i davanje smjernica podnosiocima;
  • savjetovanje podnosilaca prijava o implementaciji projekta, na primer organizovanjem radionica na temu javnih nabavki i monitoringa;
  • razvoj i održavanje mreže zainteresovanih strana;
  • kreiranje i ažuriranje baze podataka o potencijalnim podnosiocima prijava i učesnicima u radionicama i ostalim događanjima;
  • priprema, sprovođenje i izvještavanje o posjetama terenu u svrhu monitoringa;
  • priprema i publikovanje promotivnog materijala o Programu prekogranične saradnje;
  • izrada i ažuriranje internet stranice;
  • prisustvovanje redovnim sastancima Operativnih struktura i obukama.