Zemlje korisnice IPA fondova u roku od tri mjeseca nakon stupanja na snagu prvog finansijskog sporazuma vezanog za program, osnivaju Zajednički nadzorni odbor.

Sveukupano kontrolisanje sprovođenja Programa je nadležnost ZNO. Članovi ZNO su predstavnici dviju zemalja korisnica, Srbije i Bosne i Hercegovine, koji imaju ravnopravan status u ZNO.
Funkcije Zajedničkog nadzornog odbora

• Zajednički nadzorni odbor dužan je da se uvjeri u djelotvornost i kvalitet implementacije prekograničnog programa, u skladu sa sljedećim odredbama:

• Odbor razmatra i usvaja kriterijume za izbor operacija koje će se finansirati iz prekograničnog programa i odobrava izmjene istih u skladu sa potrebama programa;
• Odbor periodično razmatra napredak ostvaren u pravcu ostvarenja konkretnih ciljeva prekograničnog programa na osnovu dokumenata koje podnose Operativne strukture zemalja korisnica koje učestvuju u programu;
• Odbor razmatra rezultate u sprovođenju, posebno ostvarenje ciljeva postavljenih za svaki prioritet;
• Odbor razmatra godišnje i finalne izvještaje o sprovođenju programa;
• Odbor je odgovoran za izbor operacija, ali on ovu funkciju može da prenese na upravni odbor;
• Odbor ima pravo da predlaže revizije ili pregled prekograničnog programa za koji postoji vjerovatnoća da ostvari ciljeve, da unapređuje njegovo upravljanje, uključujući i finansijsko upravljanje;
• Odbor razmatra i usvaja prijedloge za izmenu sadržaja prekograničnog programa.

Operativne strukture i ZNO obavezne su da osiguraju kvalitetno sprovođenje prekograničnog programa, kao i da vrše nadzor po osnovu Indikatora o sprovođenju IPA.

Zajednički nadzorni odbor usvaja plan informativnih i promotivnih aktivnosti koji sprovode OS / ZTS. Pomenuti plan između ostalog obuhvata aktivnosti koje imaju za cilj:

•  
  • Usmjeravanje potencijalnih korisnika, profesionalnih organizacija, ekonomskih i socijalnih partnera, organizacija za promovisanje šansi koje pruža intervencija;
  • Informisanje javnosti o ulozi EU u podršci intervencije i o njenim ishodima.
  • Zajednički nadzorni odbor odobrava godišnji plan rada Zajedničkog tehničkog sekretarijata.