Operativne strukture zemalja korisnica IPA fondova u Programu prekogranične saradnje za Srbiju i Bosnu i Hercegovinu nadležne su za programiranje i tehničku implementaciju Programa, a formirane su i uspostavljene od strane zemalja korisnica prema sledećim odredbama:

• Za Program prekogranične saradnje Srbija – Bosna i Hercegovina, svaka zemlja korisnica obuhvaćena programom osnovaće Operativnu strukturu odgovornu za realizaciju onog dela Programa koji se tiče dotične zemlje;
• Zadaci Operativne strukture obuhvataju pripremu Programa prekogranične saradnje u skladu sa članom 91. Uredbe o realizaciji IPA-e;
• Operativne strukture zemalja korisnica obuhvaćenih Programom uspostaviće blisku saradnju prilikom programiranja i realizacije relevantnog Programa prekogranične saradnje;
• Za svaki program prekogranične saradnje među zemljama korisnicama, relevantne Operativne strukture uspostaviće Zajednički tehnički sekretarijat za pružanje podrške Operativnim strukturama, te Zajednički nadzorni odbor, u skladu sa članom 142. Uredbe o realizaciji IPA-e, za sprovođenje određenih zadataka i obaveza;
• U slučaju centralizovanog upravljanja, funkcije i nadležnosti Operativnih struktura biće definisane u relevantnom prekograničnom programu, uz izuzetak tenderskih procedura, ugovaranja i plaćanja, što spada u nadležnost Komisije;
• Svaka zemlja obuhvaćena Programom imenovaće svoje predstavnike, uključujući predstavnike Operativnih struktura nadležnih za Program, koji će učestvovati u radu Zajedničkog nadzornog odbora. Kad je u pitanju sastav Zajedničkog nadzornog odbora, biće uzete u obzir odredbe člana 87 Uredbe o realizaciji IPA-e. Zajedničkim nadzornim odborom predsedava predstavnik jedne od zemalja obuhvaćenih Programom (Član 142(3) Uredbe o realizaciji IPA-e);
• Operativne strukture zemalja korisnica obuhvaćenih Programom i Zajednički nadzorni odbor vode računa o kvalitetu implementacije Programa prekogranične saradnje. One će vršiti nadzor na osnovu Indikatora utvrđenih članom 94(1)(d) Uredbe o realizaciji IPA-e.

Operativne strukture u sklopu Programa prekogranične saradnje Srbija – Bosna i Hercegovina
U skladu sa funkcijama Operativnih struktura (utvrđenih Uredbom o realizaciji IPA-e), Operativne strukture IPA Programa prekogranične saradnje Srbija – Bosna i Hercegovina, između ostalog, obavljaju poslove koji obuhvataju:

• pripremanje Programa prekogranične saradnje u skladu sa članom 91 Uredbe o realizaciji IPA-e;
• imenovanje svojih predstavnika u Zajednički nadzorni odbor (JMC);
• uspostavljanje Zajedničkog tehničkog sekretarijata (JTS) i zapošljavanje osoblja;
• pripremanje i realizacija strateških odluka Zajedničkog nadzornog odbora, po potrebi uz podršku Zajedničkog tehničkog sekretarijata;

• uz podršku Zajedničkog tehničkog sekretarijata, uspostavljanje sistema za sakupljanje pouzdanih informacija o implementaciji Programa i dostavljanje relevantnih informacija Zajedničkom nadzornom odboru, IPA koordinatorima za Komponentu II i Evropskoj komisiji;
• vođenje računa, u saradnji sa Zajedničkim nadzornim odborom, o kvalitetu implementacije Programa prekogranične saradnje, kroz monitoring na osnovu Indikatora utvrđenih članom 94 (1)(d) Uredbe o realizaciji IPA-e;
• blagovremeno podnošenje godišnjih i finalnih izveštaja IPA nacionalnim koordinatorima i Komisiji, prema članu 144 Uredbe o realizaciji IPA-e, nakon pregleda tih izveštaja od strane Zajedničkog nadzornog odbora;
• osiguravanje praćenja ispunjavanja obaveza i vršenja isplata na nivou Programa;
• vođenje računa o tome da korisnici bespovratne pomoći adekvatno realizuju projekat i sprovode finansijsko izveštavanje (monitoring), kao i kvalitetno finansijsko upravljanje (kontrola);
• pružanje potrebne podrške Ugovornim telima (npr. obezbeđenjem modela tenderske dokumentacije, revizijom budžeta projekata koji se finansiraju iz grantova, izradom nacrta ugovora i prateće dokumentacije za angažovanje konsultanata, za nabavku roba i usluga neophodnih za sprovođenje aktivnosti korisnika grantova ili u skladu sa prioritetom tehničke podrške (TA) u cilju odobrenja i daljeg procesuiranja tih aktivnosti od strane Delegacije EK); odgovornost za obavljanje ovog zadatka se može preneti na Zajednički tehnički sekretarijat;
• vođenje računa o tome da su korisnici grantova dobili podršku u toku sprovođenja nabavke; odgovornost za obavljanje ovog zadatka se može preneti na Zajednički tehnički sekretarijat;

• organizovanje informativne i promotivne aktivnosti u svrhu podizanja svesti o šansama koje nudi Program prekogranične saradnje, ili davanje zaduženja Zajedničkom tehničkom sekretarijatu da sprovede ove aktivnosti (uključujući izradu nacrta plana informativnih i promotivnih aktivnosti koje odobrava Zajednički nadzorni odbor);

• ukoliko dobije takav zadatak od Zajedničkog nadzornog odbora, priprema revizije ili analize Programa prekogranične saradnje, koje bi omogućile postizanje ciljeva navedenih u članu 86(2) Uredbe o realizaciji IPA-e ili dovele do unapređenja njegovog upravljanja.